Не выводить товары, которых нет в наличии

По умолчанию выводятся все активные товары, в том числе те, которых нет в наличии (в поле «Количество» указано 0). Чтобы данные товары не выводились, надо отметить пункт HIDE_NOT_AVAILABLE.

$APPLICATION->IncludeComponent("bitrix:catalog", "", array(
    // …
    "HIDE_NOT_AVAILABLE" => "Y",
    "HIDE_NOT_AVAILABLE_OFFERS" => "Y", // для торговых предложений
    // …
);

Или в настройках компонента отметить пункты Недоступные товары и Недоступные торговые предложения.

Битрикс. Недоступные товары

Данный параметр также не выводит параметры в фильтре, по которым нет товаров в наличии. Например, если нет одежды 36 размера, то и в фильтре не будет этого размера.