Группировать маркеры

Когда на карте много маркеров, то одни маркеры могут перекрывать другие.

В этом случае можно группировать маркеры.

Группировать маркеры можно через объект ObjectManager, который позволяет выводить большое количество объектов на карте.

Сначала надо составить список маркеров:

var markers = [
    {
        type: "Feature",
        id: "markerID",
        geometry: {
            type: "Point",
            coordinates: [55.761, 37.641]
        }
    },
    {
        type: "Feature",
        id: "markerID2",
        geometry: {
            type: "Point",
            coordinates: [55.735, 37.615]
        }
    }
];

Затем добавить через ObjectManager, указав параметр clusterize, который отвечает за группировку маркеров.

var myMap = new ymaps.Map("YMapsID", {
    center: [55.76, 37.64],
    zoom: 11,
});

var objectManager = new ymaps.ObjectManager({
    // группировать маркеры
    clusterize: true
});

// Добавить маркеры на карту
myMap.geoObjects.add(objectManager);
objectManager.add({type: "FeatureCollection",  "features": markers});

Пример на Codepen